《合金弹头3》是SNK制作的横版动作射击类游戏，于2000年5月25日发行，是《合金弹头》系列的第四部作品。故事剧情结承《合金弹头2》，在打败妄图建立新世界的摩登将军势力后，世界开始走向了和平。然而随着各种怪事的发生，摩登势力的卷土重来，一场新的战争即将爆发。

故事背景：唐纳德·摩登元帅妄图建立世界新秩序的反叛战争已经成为历史，和平与秩序开始重归世界。虽然东山再起的摩登势力策划发动新一轮政变，但已事先洞察迹象的正规军亦快速进行了相应的作战打击，使得第二次武装政变胎死腹中。

在镇压摩登叛变中立下汗马功劳的“游隼”成员马尔克和塔马的退役申请被拒绝，仍旧继续带领“游隼”小队进行作战。

虽然摩登将军下落不明，但他的残党却依旧潜藏在世界各地，马尔克和塔马的能力和经验是对付他们的有效利器。通过对反叛军的战斗，二人察觉到了摩登与第三次武装政变的萌芽。

另一方面，隶属政府情报机关的“麻雀”部队，亦同步追查着摩登将军的踪迹，同时调查一系列发生的怪事：神秘消失的家畜、重要人物离奇失踪并且下落不明，还有反常的巨大生物……诸多事件表明了一个可能性，这是有别于摩登将军的又一次重大威胁。

在种种威胁的驱使下，情报机关决定让“麻雀”与“游隼”共同作战，并请求委派“游隼”成员调查摩登残党藏匿的孤岛。经过情报机关分析的结果，虽然说理由是摩登军残党与奇怪的事件之间应当存在着某种关联，但正规军上层却对此一笑置之，只因为正常不会想到异常成长的巨大生物与摩登军之间能够存在何种关系。但可能是情报机关的事先功夫奏效了，作战许可在某种暧昧的态度下被许可了。

谁也无法预料到，一场新的大战即将打响，这个前奏看起来过于微小，却伴随着前所未有的激烈走向高潮。

《合金弹头3》的游戏画面保持系列中的像素风格画面，卡通化的造型让角色、敌人甚至坦克看上去都十分萌化。

游戏共有五大关卡，在场景中存在着各类场景道具及隐藏要素，例如在第一关的海岸中存在可以增加分数的鱼、最终关卡隐藏的人质等等。在该作中，首次出现了分支路线的设定：除了最后一关，前四关均可以有多种不同路线可供选择，每条路线的场景和敌人均不同。

《合金弹头3》的游戏方式继承了《合金弹头》系列风格，玩家所选择的角色将进行横版移动，使用各类武器击退敌人。期间，玩家会遭遇被敌军绑架的俘虏，通过解救俘虏可以获得分数奖励或相应的枪械补给。该作中，除了原本常见的俘虏外新增了猴子乌坦、CEO、冷冻摩登军士兵。

猴子乌坦是类似《合金弹头》系列可解救俘虏一文字百太郎的协助作战单位，使用小威力冲锋枪协助主角作战。

CEO是被绑架的某公司董事长，被解救后会呼唤保镖给予角色两样补给装备奖励后离开。

冰冻摩登军士兵：第二关雪人洞穴出现，为主角增加一个拯救俘虏数而不会提供道具。

角色可通过各种方式变成相应的形态，该作在原本已有的肥胖、木乃伊两种形态变化的基础上，新增加丧尸、雪人两种人物形态，以及在不同互动场景中存在的潜水装、飞行背包、太空服形态。

除去传统的动作射击版面，游戏增加了水下版面、横版和纵版飞行射击版面，使得游戏方式多样化。