本游戏根据李连杰主演的电影《霍元甲》改编，故事讲述了霍元甲自小醉心武术，但其父不想孩子成为一介武夫，遂不让他习武。元甲与玩伴农劲荪偷偷抄录霍家拳谱天天苦练，终以稚嫩的霍家拳打败小恶霸，自此信心大增。凭着对武术的悟性及热情，武艺根基日益深厚，后来成为天津赫赫有名的武师。但却因锋芒太露好胜心强，性格变得浮躁傲慢，人也越来越好勇斗狠。

元甲徒弟被天津另一高手秦爷重创，他不问原由闯入秦爷的寿宴，威逼秦爷当场签生死状与他比武。最终，虽然元甲得胜，但却因此赔上了他一生最爱的两个人――母亲及女儿的性命！大错一手铸成，痛不欲生的霍元甲神志昏乱，遂远走他方。隐姓埋名栖身于一个偏远的村落，并得村民孙婆婆及失明少女月慈照顾收留。与世无争的农村生活，温厚善良的村民令万念俱灰的元甲渐忘伤痛及仇恨，生命正慢慢复苏。

在月慈姑娘救起的帮助下，霍元甲随即隐姓埋名在此生活了三年的时间。在这三年之中，他和月慈之间产生了感情，在她母性魅力的感染下、恬静平和的田园生活也让他沉下心来思考武术对于一个人，对于一个民族的真正意义，并渐渐悟到了武学的真谛。八国联军入侵中国，霍元甲借农劲荪之力，到上海挑战大力士成功，随后开办精武体操馆，但不久之后惨遭日本人下毒，英年早逝。

南晶科技并非照搬电影内容，而是在游戏最后加入了精武门陈真的故事剧情，这使得游戏更加丰满。同时，自创角色卡美优也来客串，并体现了南晶科技的爱国情操。