本作剧情是上部作品《拳皇R1：最强格斗王》的延续，南晶科技在制作这部《拳皇R2：大蛇四天王》中更换了一些素材，但依然是东拼西凑缝合而成的，比如说：背景音乐是口袋妖怪，大地图是某个战略游戏（貌似是机器人大战），还有最终幻想和热血物语等场景都收录其中（我也是醉了），除此之外大家还能发现其它游戏场景吗？《拳皇97》的角色皆在本作登场，最终目标还是以打到“大蛇”为主线，在游戏的结尾似乎能看出南晶科技还为《拳皇99》的剧情埋下伏笔，可惜最终玩家也没见到第三部作品面世。